La trama se centra en un adolescente de diecisiete años llamado Shin'ichi Izumi, quien vive con sus padres en un barrio tranquilo de Tokio. Una noche, criaturas similares a gusanos llamados "parásitos" aparecen en la Tierra, haciendo huésped a los humanos al invadir sus cerebros entrando a través de los oídos, la nariz, etc. Uno de estos parásitos intenta entrar por el oído de Shin'ichi mientras duerme, pero no tiene éxito ya que este está usando auriculares e intenta entrar por su nariz haciendo que el muchacho despierte y lo lanze lejos. En una nueva intentona el ser se lanza hacia él penetrando en su cuerpo por su brazo derecho y de este modo alcanzar el cerebro. Debido a que Shin'ichi pudo evitar que este parásito llegara su cerebro, este queda limitado y completa toda su maduración en el brazo invadido, haciendo que ambos seres conserven su intelecto y personalidad separada.
A medida que ocurren encuentros con otros parásitos, ambos aprenden a coexistir con su extraña situación y poco a poco forman una unión fuerte, trabajando juntos para sobrevivir. Esto les da una ventaja en la lucha contra aquellos parásitos que, con frecuencia, atacan a la pareja al darse cuenta de que el cerebro humano de Shin'ichi sigue intacto. Shin'ichi se siente obligado a luchar contra otros parásitos que consideran a los humanos como mera comida, contando con la ayuda de Migi nombre que le dio a su mano derecha invadida por el parásito.
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